La Comisión Permanente está formada por el presidente del Comité y 3 responsables de pesca submarina de las federaciones autonómicas. Son elegidos democráticamente por la Asamblea del Comité. El presidente y estos 3 miembros tomarán decisiones en materias técnicas, económicas o de organización del Comité en situaciones puntuales en las que deba tomarse una decisión de carácter urgente.
Actualmente, la Comisión Permanente está formada por:
